总的来看，司马迁的“究天人之际”在主流上是倾向唯物的，这在当时的思想领域和政治领域都是进步的，在中国古代朴素的唯物史观发展上占有重要的位置。当然，《史记》一书并没有完全摆脱“天命”论的窠臼和“天人感应”说的影响。如他在讲到刘邦建立汉皇朝时说：“岂非天命哉，岂非天命哉！非大圣孰能当此受命而帝者乎？”[76]又如他一方面指出“星气之书，多杂禨祥，不经”[77]，是不可凭信的。一方面又说日、月、孛星、云、风的变化“其与政事俯仰，最近天人之符。此五者，天之感动”[78]。这样，就又把天道和人事扯到一起了。这是司马迁在天人关系理论上的局限，但它在《史记》全书中并不占有支配的地位。
司马迁的“通古今之变”的思想具有丰富的内容。首先，他对历史演进的过程提出了比较完整的看法。这个看法，从《太史公自序》中的《五帝本纪》至《高祖本纪》的序目、《三代世表》至《秦楚之际月表》的序目可以略见其大概，而从《三代世表》至《秦楚之际月表》的四篇序中则可以更清楚地看出司马迁对于历史进程的把握。五帝、三代是两个大的历史时代[79]，但它们的历史太久远了，无法“论次其年月”，司马迁“于是以《五帝系谍》、《尚书》集世纪黄帝以来讫共和为《世表》”[80]。这是以“三代”统称“五帝、三代之记”。接着《三代世表》的是《十二诸侯年表》，年代是“自共和讫孔子”，历史特点是“挟王室之义，以讨伐会盟主，政由五伯，诸侯恣行”，也就是“诸侯专政”，“五霸更盛衰”[81]。再下面是《六国年表》，起周元王（公元前475）、讫秦二世（公元前207），“凡二百七十年”，历史特点是“陪臣执政”，“海内争于战功”，“务在强兵并敌，谋诈用而纵横短长之说起”[82]。《秦楚之际月表》起秦二世元年（公元前209）七月，中经“西楚主伯，项籍始，为天下主命”（公元前206），至汉高祖五年（公元前202）后九月止，首尾八年。故司马迁写道：“太史公读秦楚之际，曰：初作难，发于陈涉；虐戾灭秦，自项氏；拨乱诛暴，平定海内，卒践帝祚，成于汉家。”[83]“八年之间，天下三嬗，事繁变众，故详著《秦楚之际月表》。”[84]这四通表不仅在时间上首尾相衔，贯穿古今，而且它们的序文也都勾勒了各个历史时代的特点，反映出司马迁对于历史进程的卓越见解。其次，是贯穿着历史变化与历史进化的观点。司马迁的历史哲学不仅仅在于“通古今”，还要在“通古今”的基础上阐述历史的变化，以及从历史变化中指出历史的进化。他的这种见解，不仅在本纪和诸表中有明确的表述，而在“八书”中贯彻得尤为突出。《太史公自序》关于“八书”的序目说：“礼因人质为之节文，略协古今之变”，认为礼本身就是适应古今形势变化而制定的；“乐者，所以移风易俗也。……比乐书以述来古，作《乐书》”，考察自古以来乐的兴废；太公望、孙武子、吴起、王子成甫等对古代兵书《司马法》“能绍而明之，切近世，极人变”；“维币之行，以通农商；其极则玩巧，并兼兹殖，争于机利，去本趋末。作《平准书》”。这些，都是以贯通古今变化为撰述的主旨。《史记》“八书”虽有缺文，但从《历书》、《天官书》、《封禅书》中，还是可以看出他的这个思想在具体撰述上的体现。在考察古今变化时，司马迁是充分肯定历史是在进化的。他在《六国年表》序中写道：“秦取天下多暴，然世异变，成功大。传曰‘法后王’，何也？以其近己俗变相类，议卑而易行也。学者牵于所闻，见秦在帝位日浅，不察其始终，因举而笑之，不敢道，此与以耳食无异。悲夫！”司马迁在许多地方批评秦的苛法役民，但他从历史进化的观点出发，还是充分肯定秦朝在历史上的重大作用。他还说：“居今之世，志古之道，所以自镜也，未必尽同。帝王者各殊礼而异务，要以成功为统纪，岂可绲乎？”[85]这是指出以古为镜的必要和混同古今的不可取，也是在强调历史的变化和进化。司马迁肯定“汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣”[86]，称赞萧何“因民之疾秦法，顺流与之更始”[87]，也都是基于他的这一历史哲学的。最后，提出了“物盛则衰，时极而转”的历史命题。《太史公自序》在讲到撰述“本纪”时，提出对于历代帝王业绩要“原始察终，见盛观衰”，即推究其何以始，详察其何以终；于其极盛时看到它日渐衰落的迹象。这里讲的“见盛观衰”，主要是指政治形势说的。司马迁通过对历史上经济现象的考察，又提出这样的认识：“农工商交易之路通，而龟贝金钱刀布之弊兴焉。……《书》道唐虞之际，《诗》述殷周之世，安宁则长庠序，先本绌末，以礼义防于利；事变多故而亦反是。是以物盛则衰，时极而转，一质一文，终始之变也。”[88]这是从教化、礼义和物质财富的关系提出了“物盛则衰，时极而转”的命题。在《平准书》里，司马迁还从当代社会所积累的巨大财富中看到了法制的破坏、社会矛盾的严重和世风的败坏。于此，他并不奇怪：“物盛而衰，固其变也。”可见，司马迁的“物盛则衰，时极而转”的历史命题，在他看来是一个普遍的原则。要之，司马迁的“通古今之变”的思想，包含着朴素的发展观点和辩证观点；这个朴素的辩证观点不仅可以从“物盛则衰”、“见盛观衰”看出来，更可以从“时极而转”看出来。在司马迁的历史哲学中，历史总在变化：要么由盛变衰，要么由衰转盛。他就是用这样的历史哲学去观察历史，“考之行事，稽其成败兴坏之理”。