南京第三次宣布独立，再举讨袁义旗，但其面对的局势却更加严峻。讨袁阵营此时已基本瓦解，革命派领导人多远走沪上甚至海外，政治、经济、军事各方面都不能给予南京任何实际的支持；南京讨袁军内部没有有权威、懂军事的领导人，讨袁军正、副司令何海鸣（兼第8师师长）、韩恢（兼第1师师长）均非军事长才，部队组织不全，准备不周，一度自居为都督的张尧卿也没有政治才干与号召力；冯国璋和张勋指挥的北洋军已到江北和宁郊，实力远远超过南京讨袁军。就是在这种实力对比悬殊、后援不继、前景难料的情况下，南京讨袁军的广大官兵以高昂的革命热情坚守南京，与进攻的北洋军反复搏杀，上演了一出二次革命期间最为有声有色、雄浑悲壮的战剧。
南京复行宣布独立后，已经进至南京近郊龙潭的张勋部武卫前军担当了进攻南京的主力角色。自8月14日起，张勋部开始攻击南京东郊门户各炮台，与守军在紫金山、天堡城、富贵山等处反复争夺，双方均有不少伤亡。南京守军主要是第8师和第1师的部分下级官兵，他们在没有统一指挥、缺乏补充、后援不济，又无任何官禄名利诱惑的情况下，以大无畏的精神和饱满的士气，对北洋军进行了英勇的抵抗。8月19日，安徽讨袁失利后退至芜湖的柏文蔚率其卫队到南京，被推为江苏都督兼第8师师长，但革命派内部始终不能形成坚强有力的领导核心，柏文蔚既受各方牵制，军事反攻亦未成功，对讨袁前景表示悲观，随即于25日离宁赴沪，后与其他革命派领导人走了同样的路，由上海转赴日本。何海鸣接任江苏都督兼第8师师长，再度接过南京讨袁的指挥权。